I ragazzi decidono di esplorare il Nucleo per cercare informazioni che permettano loro di rompere il legame tra Aelita e XANA e poter così spegnere il supercomputer. Il settore, però, si rivela particolarmente pericoloso, oltre che infestato da trappole e da due nuovi mostri, il Creeper e le Mante. Nel mentre, Yumi è sottoposta a grandi pressioni, poiché i suoi genitori hanno iniziato a sospettare che la loro figlia nasconda qualcosa.
