Tien jaar na de Ceremoniële Strijd vertrekt een tienerjongen genaamd Judai Yuuki (Jaden Yuki) om zich aan te sluiten bij de Duel Academia (Duel Academie) op een afgelegen eiland voor de kust van Japan. Daar ontmoet hij zijn medestudenten en krijgt hij een paar vrienden, maar ook een paar vijanden. Judai wordt ingedeeld in de laagste rang, Osiris Red (Slifer Red), maar hij blijft zijn vaardigheden testen tegen de studenten en docenten om zijn waarde als Duelist te bewijzen en het respect van iedereen om hem heen te verdienen.
