Para localizar el superordenador de Ikonov y destruirlo, Jeremy ha desarrollado un programa que los Guerreros de Lyoko van a introducir en el núcleo de Cortex. El plan sale bien cuando van a Lyoko, son seguidos por un ninja de Ikonov Ninja. Y sólo en el Quinto Sector son conscientes de su presencia. Una terrible lucha comienza entonces para impedir el acceso al Ninja al núcleo de Lyoko y todos los datos que contiene.
