Jeremy riesce a mettere a punto un programma in grado di virtualizzare Aelita nel mondo reale, cosa che permetterebbe al gruppo di spegnere il supercomputer e distruggere XANA. Quella stessa notte, però, l'intelligenza artificiale attacca nuovamente, e nella battaglia che ne segue Yumi cade nel Mare Digitale su cui galleggia Lyoko, da dove le sarebbe impossibile tornare indietro. Jeremy riesce a salvarla usando il programma sviluppato per Aelita, rimandando la fine della guerra.
