Contrairement à son frère jumeau Yukio, Rin Okumura n'a jamais souhaité connaître leurs parents et les circonstances de sa propre naissance. Pourtant, le maître du temps, Mephisto Pheles, donne à Rin une clé qui le transporte 40 ans dans le passé, à l'époque où sa défunte mère, Yuri Frederick Egin, n'était qu'une enfant. Guidé par Méphisto, Rin traverse les années de l'enfance de Yuri et de son adolescence en tant qu'exorciste en formation. Très tôt, Yuri rencontre Shirou Fujimoto, le père adoptif de Rin et Yukio. Alors que Rin suit la vie de Yuri et de Shirou, il est le premier témoin des premières apparitions de Satan, son véritable père, et des horreurs qui se déroulent dans la Section 13 de l'Ordre de la Vraie Croix. Le lien unique de Yuri avec Satan conduit finalement Rin à découvrir la vérité derrière l'événement le plus horrible de l'histoire des exorcistes et le jour où Yukio et lui sont nés : la Nuit Bleue.
