Lan deve gareggiare nelle semifinali del torneo in coppia con il suo eroe, il Comandante Beef, in una battaglia contro BlasterMan e StoneMan. Il duo di Net-Navi solitari al servizio della Mondo Tre è intenzionato a cancellare per sempre MegaMan, intrappolando lui e SharkMan nella rete del faro per eliminarli più facilmente senza che i loro Net-Operatori possano intervenire con i Battle-Chip per potenziarli. Lan e Beef si precipitano al faro per cercare di salvare i loro Net- Navi prima che scadano i dieci minuti di tempo consentiti dal regolamento del Gran Premio per l'abbandono del campo di gioco. Intanto Lan inizia a sospettare che dietro il casco del Comandante Beef si celi in realtà il suo amico pescivendolo Maysa
