เรื่องราวการต่อสู้บนโลกที่ลดทอนลง และมหันตภัยจากการโจมตีของสัตว์ประหลาดที่ได้จางหายไป ทำให้โลกกลับเข้าสู่ความสงบสุขอีกครั้ง แต่ 'สเฟียร์' (Sphere) กลุ่มวัตถุบินลึกลับได้บุกโจมตีโลกอย่างกะทันหัน ทำให้ชีวิตอันแสนสงบสุขของ 'อาสึมิ คานาตะ' ต้องยุ่งเหยิง เมื่อการทำลายล้างเกิดขึ้นตรงหน้า ในขณะนั้นก็ได้มียักษ์แห่งแสงปรากฎตัวขึ้น คานาตะ เขากระโจนเข้าสู่เบื้องหน้าของศัตรูแล้วทำการแปลงร่างเป็น อุลตร้าแมนเดกเกอร์ ทันที
