Arata Kasuga se despierta igual que todas las mañanas, pero de camino a la escuela descubre que el sol es negro. Cuando es atacado por Lilith Asami, el mundo en el que vive se desintegra, para mostrar en su lugar una ciudad vacía y en ruinas. Arata había creado un mundo ilusorio con la ayuda de un misterioso grimorio y Lilith le da dos opciones, entregar el grimorio y olvidarlo todo o morir. Arata elige una tercera opción, estudiar magia para salvar la ciudad y traer de vuelta a su prima Hijiri Kasuga, desaparecida junto a todos los habitantes de la ciudad. Sin embargo, para ello debe "conocer" a la elite de la academia de magia Royal Biblia, las Trinity Seven.
