2016年，东京都内的某家银行发生了以市民为人质的抢劫案。警视厅搜查一课的主任水树爽率领部下游马等人包围了案发现场。接到现场发来的联络后，地方大学出身的“外样派”刑事部长千堂大善要求出动警备部所属的特殊急袭部队“SAT”。但是，“萨摩派”警备部长权藤秀夫和“东大派”警务部长吉永晴树是与他争夺下任警视总监的对手——这三位各怀心思的警视厅高层之间的谈判破裂了。就在此时，发生了蒙面犯人枪击人质后从后门逃走的令警方蒙羞的事态。爽虽不知上层谈判的详细内容，但是这种明显可以预先阻止的事件却没能阻止住，让她特别气愤。然而，犯罪推理能力超群的警视厅搜查共助课理事官上条涟却极为冷静。他以毫无破绽的理论说明了不能让SAT出动的理由，还提出了现场刑警们没看出来的关于犯人的线索。就在这时，千堂因故把自己女儿未婚夫、搜查共助课课长佐久间义孝从指挥位置上调走，提拔涟作为代理。权藤和吉永冷冷地关注着事态发展。而属于他们派系的精英组们也一齐出动插手搜查。另一方面，涟问自己的发小儿水树爽她以为谁是强盗犯。得知涟判断犯人使用的是最新的3D打印制造的改装枪后，爽凭刑警的直觉，从之前锁定的嫌疑人中推测出蒲生兼人是真凶。涟则给她发出了令人意外的指示。
